Syekh Musthafa Husein lahir di Tanobato, Kayu Laut pada tahun 1886 M/1303 H dengan nama kecil Muhammad Yatim dari pasangan H. Husein Nasution dan Hj. Halimah. Ayahnya seorang saudagar yang taat beragama. Keadaan masyarakat di Tanobato saat itu sangat menyedihkan akibat perlakuan penjajah Belanda yang memberlakukan sistem tanam paksa